Trybunał Sprawiedliwości UE w dwóch ostatnio wydanych wyrokach potwierdził istotne interpretacje dotyczące ochrony obszarów Natura 2000 w przepisach Dyrektywy Siedliskowej. Nie są one wprawdzie nowe, ale teraz zostały wprost wyrażone w wyroach Trybunału.

W wyroku C-521/12 (Autostrada A2) Trybunał orzekł, że jeżeli przedsięwzięcie powoduje negatywny wpływ na siedliska chronione w obszarze Natura 2000 (w sprawie chodziło o poszerzenie autostrady - pośrednio oddziałujące na sąsiednie łąki trzęślicowe przez wzrost ruchu skutkujący wzrostem depozycji azotu ze spalin), to poprawa stanu istniejących siedlisk w obszarze Natura 2000 lub stworzenie ich dodatkowej powierzchni nie umożliwiają zezwolenia na inwestycję w trybie art. 6.3 dyrektywy. Mogą one natomiast być uznane za środki kompensujące w sensie art. 6.4 dyrektywy, o ile spełnione są przesłanki tego artykułu. Opinia rzecznika generalnego zawiera wykład różnic między środkami łagodzącymi a kompensującymi.

W wyroku C-301/12 (Cascina Tre Pini) Trbunał orzekł, że w przypadku całkowitej i nieodwracalnej utraty wartości obszaru Natura 2000 można, a nawet trzeba, rozważać zlikwidowanie obszaru Natura 2000, pod warunkiem że utrata ta była niezawiniona - doszło do niej pomimo poszanowania przepisów art. 6 ust. 2-4 tej dyrektywy (w tym obowiązku zapobiegania wszelkim pogorszeniom).