16 lutego 2012 r. Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej wydał ważny wyrok, który znajdzie się w "kanonie" wyroków w sprawach przyrodniczych. Trybunał potwierdził w nim tezy znane już wcześniej (wyrażone we wcześniejszych wyrokach), ale wciąż nie zawsze prawidłowo rozumiane:

* Interes mogący uzasadniać, w rozumieniu art. 6 ust. 4 dyrektywy siedliskowej, realizację planu lub przedsięwzięcia winien być jednocześnie "publiczny" i "nadrzędny", co oznacza, że jego waga winna być na tyle duża, by można było ją przeciwstawić nakreślonemu przez tę dyrektywę celowi ochrony siedlisk przyrodniczych dzikiej fauny i flory. Prace w zakresie budowy lub rozbudowy przedsiębiorstwa co do zasady spełniają te kryteria jedynie w wyjątkowych okolicznościach. Nie można wprawdzie wykluczyć, że będzie tak w sytuacji, w której dane przedsięwzięcie, mimo iż ma ono charakter prywatny, ze względu na sam swój charakter oraz kontekst gospodarczy i społeczny, w jaki się ono wpisuje, rzeczywiście przedstawia nadrzędny interes publiczny, jeśli wykazano przy tym, że nie istnieją rozwiązania alternatywne. Jednak, w świetle tych kryteriów sama budowa infrastruktury przyszłego centrum administracyjnego nie może co do zasady stanowić nadrzędnego względu interesu publicznego w rozumieniu art. 6 ust. 4 dyrektywy siedliskowej.

* Artykuł 6 ust. 4 dyrektywy siedliskowej, jako przepis stanowiący odstępstwo od kryterium udzielenia pozwolenia określonego w art. 6 ust. 3 zdanie drugie, powinien być interpretowany ściśle. Ponadto przepis ten znajduje zastosowanie wyłącznie po przeprowadzeniu oceny skutków planu lub przedsięwzięcia zgodnie z art. 6 ust. 3 dyrektywy siedliskowej. Znajomość tych skutków dla celów ochrony omawianego obszaru stanowi bowiem niezbędną przesłankę zastosowania art. 6 ust. 4, ponieważ w przeciwnym wypadku nie będzie można dokonać oceny żadnej z przesłanek zastosowania tego przepisu stanowiącego odstępstwo. Ocena ewentualnych nadrzędnych względów interesu publicznego oraz istnienia mniej szkodliwych rozwiązań alternatywnych wymaga bowiem ich rozważenia względem niekorzystnych skutków spowodowanych przez dany plan lub przedsięwzięcie na określonym terenie. Ponadto, aby określić charakter ewentualnych środków kompensujących, należy dokładnie wskazać niekorzystne skutki dla danego terenu.

* Art. 6 ust. 3 dyrektywy siedliskowej należy interpretować w ten sposób, że nie zezwala on władzom krajowym na zatwierdzenie planu lub przedsięwzięcia bez upewnienia się, że taki plan lub przedsięwzięcie nie naruszy integralności danego terenu. Dotyczy to także zatwierdzania w formie uchwalenia specjalnego aktu prawnego.

* Mimo że przepisy dyrektywy EIA w zasadzie nie dotyczą przedsięwzięc zatwierdzanych w trybie ustawodawczym, to dotyczy to tylko sytuacji, gdy w procesie ustawodawczym osiągnięte sa cele dyrektywy. Powinna istnieć możliwość skierowania do sądu lub niezależnego i bezstronnego organu powołanego z mocy ustawy kwestii, czy ten akt ustawodawczy spełnia wymogi określone w art. 1 ust. 5 tej dyrektywy, ze zmianami. W przypadku gdy nie istnieje możliwość wniesienia skargi na taki akt o charakterze i zakresie, jakie wskazano powyżej, każdy sąd krajowy orzekający w ramach swej właściwości winien przeprowadzić kontrolę opisaną w powyższym tiret i ewentualnie wyciągnąć z niej konsekwencje, odstępując od stosowania tego aktu ustawodawczego.