Utworzono państwową osobę prawną Wody Polskie, będącą zarazem organem administracyjnym gospodarowania wodami i zarządcą większości wód Skarbu Państwa – ale z wyjątkiem „śródlądowych dróg wodnych o szczególnym znaczeniu transportowym”, którymi (wraz z międzywalem rzek!) zarządzać ma minister właściwy do spraw żeglugi śródlądowej – ma on jednak zawierać z Wodami Polskimi porozumienia, na podstawie których to jednak WP będą realizować inwestycje ochrony przed powodzią. Wykonywanie praw właścielskich do wód Wody Polskie mogą powierzać nadleśniczemu lub jednostce samorządu terytorialnego. Parki narodowe tracą prawa do swoich wód, ale „wykonują prawo użytkowania wieczystego w stosunku do gruntów pokrytych wodami znajdujących się w granicach parku narodowego”, z wyłączeniem gruntów pokrytych wodami granicznymi oraz dróg wodnych klasy II i wyższej.
Wody Polskie mają mieć czteropiętrową strukturę organów administracji: Prezes – dyrektor RZGW – dyrektor Zarządu Zlewni – kierownik Nadzoru Wodnego. Rozmaite wodne decyzje administracyjne są w kompetencjach różnych pięter tej struktury. Wydzielono nowe regony wodne: Górnej Wisły wschodniej, Narwi, Bugu i Noteci i nowe RZGW w Rzeszowie, Lublinie, Białymstoku i Bydgoszczy.
Wody Polskie będą wydawać zgody wodnoprawne także same sobie i są wówczas zwolnione z opłat za nie.
Oprócz pojęć powszechnego, zwykłego i szczególnego korzystania z wód, wprowadzone zostaje pojęcie usług wodnych, do którego przeniesione są: pobór wód, odprowadzanie ścieków, piętrzenie, magazynowanie lub retencjonowanie wód, korzystanie z wód do celów energetyki. Co do zasady, pobór wód i odprowadzanie ścieków, produkcja energii z wód, wielkopowierzchniowe zmniejszenie naturalnej retencji terenowej, wydobywanie kamienia, żwiru, piasku, wycinanie roślin, podlegają opłacie za usługi wodne – ustawa na nowo reguluje naliczanie i pobór opłat.
Zgoda wodnoprawna wydawana będzie przez Wody Polskie, w formie wydania pozwolenia wodnoprawnego, przyjęcia zgłoszenia wodnoprawnego, wydania oceny wodnoprawnej (nowa forma!) lub wydania decyzji zwalniającej z zakazów.
Wydania pozwolenia wodnoprawnego trzeba będzie odmówić, jeśli wnioskodawca nie wywiązuje się z obowiązków wynikających z dotychczas wydanych pozwoleń wodnoprawnych. Informacja o wszczęciu postępowania o pozwolenie wodnoprawne będzie publikowana na BIP, ale nadal utrzymano wyłączenie organizacji społecznych od możliwości wnioskowania o udział na prawach strony. Pozwolenia wodnoprawne mogą być przedłużane na kolejne okresy.
Rozporządzeniem określone zostaną inwestycje i działania mogące wpływać na możliwość osiągnięcia celów środowiskowych i wymagające uzyskania oceny wodnoprawnej. Ocena ta będzie decyzją wydawaną po analizie odziaływania na cele środowiskowe dla wód. Inwestycje negatywnie oddziałujące na stan wód, ale wynikające z nadrzędnego interesu społecznego będą mogły – po sprawdzeniu warunków odstępstwa - uzyskać zatwierdzenie w formie oceny wodnoprawnej nawet wtedy, gdy nie będą wcześniej uwzględnione jako derogacje w planie gospodarowania wodami (będą wówczas informacyjnie ujmowane w planie na kolejny okres).
W procedurze wydawania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach, konieczność oceny oddziaływania na środowisko będzie podlegała nie tylko opini RDOŚ ale także opinii odpowiedniego organu Wód Polskich. Tak jak obecnie w przypadku RDOŚ, ewentualna potrzeba oos będzie stwierdzana w drodze postanowienia, a opinia o braku potrzeby oos może wskazywać warunki do uwzględnienia w decyzji. Decyzja środowiskowa będzie podlegać uzgodnieniu z organem właściwym do zgód wodnoprawnych (chyba że wcześnie nie stwierdził potrzeby oceny)
Znikają warunki korzystania z wód regionu wodnego i zlewni, ustanawiane jako akty prawa miejscowego. Jednak, obowiązujące Warunki zachowują moc do 2021 r.
Znika pojęcie Programu wodno-środowiskowego kraju. W zamian, „zestaw działań z uwzględnieniem sposobów osiągania ustanawianych celów środowiskowych wraz z jego podsumowaniem” ma być elementem planu gospodarowania wodami dorzecza. W planie gospodarowania wodami na obszarze dorzecza należy zapewnić rozpoczęcie realizacji tych działań nie później niż w terminie 3 lat od dnia ogłoszenia planu.
Przewidziano wyznaczanie „obszarów przeznaczonymi do ochrony gatunków zwierząt wodnych o znaczeniu gospodarczym” (gatunki i obszary mają określić wspólnie ministrowie ds. rolnictwa, gospodarki wodnej i gospodarki morskiej), w których obowiązkowe jest zapewnienie efektywnej migracji tych zwierząt, a Wody Polskie „weryfikują wpływ istniejących urządzeń wodnych i zgód wodnoprawnych” na siedliska i możliwości migracji tych zwierząt.
Znikają obszary OSN szczególnie narażone na azotany ze źródeł rolniczych, program działań ograniczający zanieczyszczenie azotanami rolniczymi będzie opracowany dla obszaru całego kraju (z możliwym zróżnicowaniem regionalnym).
Obowiązkowe będzie uwzględnianie obszarów szczególnego zagrożenia powodzią (wodą 100-letnią) i ryzyka powodziowego na tych obszarach w nowych studiach i planach zagospodarowania przestrzennego oraz w decyzjach o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu, które podlegają uzgodnieniu z Wodami Polskimi. Jednak, znika bezwzględny zakaz lokalizowania na obszarach szczególnego zagrożenia powodzią nowych przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko.
Wprowadzona zostaje możliwość określenia „śródlądowych dróg wodnych o szczególnym znaczeniu transportowym” (obejmujących także międzywala odpowiednich rzek), których przebudowa, budowa lub modernizacja musi uwzględniać ustalenia planu lub programu rozwoju dróg wodnych. Ustawowe umocowanie w ustawie o żegludze uzyskuje „plan lub program rozwoju śródlądowych dróg wodnych o szczególnym znaczeniu transportowym”.
Znika podział na melioracje wodne podstawowe i szczegółowe. Wykonywanie i utrzymywanie melioracji wodnych należy w zasadzie do właścicieli gruntów (ew. do spółek wodnych). Nie jest dla nas jasne, co ma się stać z tzw. melioracjami podstawowymi (dotąd utrzymywanymi przez wzmiuw). W parku narodowym utrzymanie melioracji wodnych jest zadaniem parku narodowego. Przepisy dotyczące urządzeń melioracji wodnych stosuje się odpowiednio do budowli wstrzymujących erozję wodną.
Co do obowiązku utrzymywania wód, zapisano, ze „Właściciel wód utrzymuje wody z uwzględnieniem konieczności osiągnięcia celów środowiskowych”, ale równocześnie rozszerzono, że utrzymywanie wód obejmuje także „działania niewynikające z planu utrzymania wód, jeżeli nie wywierają one istotnego wpływu na osiągnięcie celów środowiskowych”. Plany utrzymania wód mają ustanawiać wojewodowie, ale na wniosek i po uzgodnieniu z Wodami Polskimi.
Do obowiązków właściciela wód wyraźnie przypisano „zapewnia osiągnięcie celów środowiskowych”.
Wrzutką do ustawy ooś, nie mająca nic wspólnego z wodami, zawężono krąg stron postępowania o jakąkolwiek decyzję środowiskową – stroną będzie tylko wnioskodawca oraz podmiot mający prawo do nieruchomości sąsiadujących, nieruchomości na których zostałyby przekroczone standardy jakości środowiska, nieruchomości na których mogą zaistnieć ograniczenia w zagospodarowaniu nieruchomości zgodnie z jej aktualnym przeznaczeniem. Podobnie, jako wrzutkę do ustawy ooś, wprowadzono do niej niebezpieczny przepis uprawniający organ wydający jakąkolwiek decyzję środowiskową do „rozstrzygania sprzeczności” między uzgodnieniami organów uzgadniających. Do ustawy ooś wprowadzono też ułatwienia proceduralne dla przekopu Mierzei Wiślanej.
Ponadto, wiele jest drobniejszych zmian w stosunku do przepisów obecnych, np.:
- znikają przepisy o wydobywaniu kamienia, żwiru i pasku w ramach powszechnego korzystania z wód,
- nadzwyczajne dopuszczenie „korzystania z każdej wody” nie będzie możliwe w celu zapobieżenia niebezpieczeństwom, które nie są nagłe,
- organizacja wypoczynku lub sportów wodnych w ramach działalności gospodarczej, a także wyłączanie znacznej powierzchni biologicznie czynnej na dużych nieruchomościach na obszarach nieskanalizowanych, stają się szczególnym korzystaniem z wód,
- obowiązek opomiarowania poborów wód >5m3/dobę i odprowadzania ścieków >864 m3/dobę (od 2020 r.),
- zakaz poruszania się pojazdami w wodach powierzchniowych oraz po gruntach pokrytych wodami (z włączeniami dla zarządców, kontrolujących, służb, budów i prac utrzymaniowych),
- nakazy usunięcia drzew lub krzewów z wałów przeciwpowodziowych oraz z terenów narażonych na niebezpieczeństwo powodzi nie będą już podlegać uzgodnieniu z RDOŚ,
- znika możliwość nakazania sposobów uprawy i zagospodarowania gruntów oraz rodzajów upraw wynikające z wymagań ochrony przed powodzią,
- budowle piętrzące powinny umożliwiać migrację ryb, nie tylko wtedy gdy „jest to uzasadnione lokalnymi warunkami środowiska”,
- możliwość nakazania przez Wody Polskie odbudowy lub likwidacji zdekapitalizowanego urządzenia wodnego,
- znika możliwość cofnięcia pozwolenia wodnoprawnego jest to konieczne dla osiągnięcia celów środowiskowych w zakresie wynikającym z planu gospodarowania wodami na obszarze dorzecza,
- likwidowane są rady gospodarki wodnej regionów wodnych.