W wyroku C-141/14 z 14 stycznia 2016 r., Trybunał Sprawiedliwości UE uznał, że Bułgaria naruszyła przepisy dyrektywy ptasiej, siedliskowej i ocenowej wyznaczając za mały obszar specjalnej ochrony ptaków Kaliakra, a także zgadzając się na lokalizację w nim elektrowni wiatrowych i pól golfowych.
Co do wyznaczenia OSO Kaliakra, Bułgaria wyznaczyła go „wąsko”, uznając że wystarczy wyznaczenie go na ternach przymorskich, ale poza granicami obszaru pozostawiono tereny rolnicze. O ile tereny te są mniej istotne dla ptaków lęgowych, to są terenem żerowania ptaków migrujących – koncentracje ptaków migrujących na tych terenach nie są wprawdzie coroczne, ale nie są też ani przypadkowe, ani ekstremalnie wyjątkowe, i występują regularnie, jeżeli panują odpowiednie warunki wiatrowe. Tereny te są w szczególności miejscami żerowania zagrożonej bernikli rdzawolicej – koncentracje tego gatunku obserwowano w dwóch z pięciu lat regularnych obserwacji. A jeśli nawet nowsze obserwacje wskazują raczej, że bernikla rdzawoszyja występuje rzadziej w tych częściach terytorium, które nie zostały włączone do OSO od początku, to może to być wynik faktu, że obserwacje te zaczęły się dopiero po zbudowaniu dużej liczby elektrowni wiatrowych na tych częściach terytorium, co nie może usprawiedliwiać niewłączenia tych terenów do OSO.
Co do elektrowni wiatrowych i pól golfowych na obszarze Natura 2000 , zostały one zatwierdzone przed wejściem Bułgarii do UE, Trybunał orzekł jednak, że – o ile wywołały negatywne skutki już po wejściu do UE i po wyznaczeniu obszarów Natura 2000, a Bułgaria tym skutkom nie zapobiegła – to uchybiła tym samym art. 6.2 dyrektywy siedliskowej.
Zgoda na lokalizację elektrowni wiatrowych (co do których negatywnego oddziaływania na ptaki istnieją przekonujące argumenty naukowe) na terenie, który nie został włączony do obszaru Natura 2000, choć powinien być włączony, została uznana za naruszenie art. 4.4 dyrektywy ptasiej. W ocenie Trybunału, ustalenia tego nie podważa fakt, że zgodnie z wynikami monitoringu poinwestycjnego, na rozpatrywanych obszarach nadal występuje bernikla rdzawoszyja (choć wykorzystanie terenu wydaje się nieco słabsze), i że kiedy warunki wiatrowe temu sprzyjają, migracja ptaków nadal koncentruje się w na terenie Kaliakra. Obowiązek ochrony istnieje bowiem, zanim zostanie stwierdzone zmniejszenie liczby ptaków lub zanim zmaterializuje się zagrożenie zanikiem danego gatunku chronionego.
Trybunał orzekł także, że już w ramach badania, czy dane przedsięwzięcie powinno zostać poddane ocenie oddziaływania na środowisko (a nie tylko w ramach samej oceny!), obowiązkiem jest przeanalizowanie i uwzględnienie skutków skumulowanych, jakie przedsięwzięcie to może nieść ze sobą w połączeniu z innymi przedsięwzięciami. Obowiązek ten nie ogranicza się do zbadania przedsięwzięć tego samego typu, w ramach tego samego zakładu, ani do granic administracyjnych.
W wyroku C-399/14 z 14 stycznia 2016 r., dotyczącym sprawy mostu na Łabie w Dreźnie, Trybunał Sprawiedliwości UE na zapytanie sądu niemieckiego, że:
- Orzekł, że: jeżeli zgoda na przedsięwzięcie została wydana przed wyznaczeniem obszaru Natura 2000, w związku z czym nie zostało ono poddane ocenie siedliskowej wymaganej przez art. 6.3 dyrektywy siedliskowej, to z art. 6.2 wynika, ze realizację przedsięwzięcia można kontynuować tylko pod warunkiem, że zostaną wykluczone prawdopodobieństwo lub ryzyko pogorszenia stanu siedlisk lub niepokojenia gatunków mogących mieć istotne skutki w świetle celów tej dyrektywy. Może to wymagać wykonania, na podstawie art. 6.2 dyrektywy, oceny spełniającej analogiczne wymagania, jak ocena wg art. 6.3 dyrektywy; możliwe jest zastosowanie przez analogię z art. 6.4 wyjątku „w imię koniecznych wymogów nadrzędnego interesu publicznego”;
- Orzekł, że jeśli przedsięwzięcie zostało już częściowo lub całkowicie wykonane, to „naprawcza” ocena musi uwzględniać, jako oddziaływanie na obszar Natura 2000, wszystkie skutki spowodowane realizacją przedsięwzięcia od chwili zatwierdzenia obszaru Natura 2000 przez KE
- W przypadku przeprowadzania oceny naprawczej, o której mowa wyżej, wymogi oceny, ani przesłanki oceny ewentualnych rozwiązań alternatywnych nie mogą być jednak zmienione z powodu, ze przedsięwzięcie zostało już zrealizowane. Ewentualna ocena alternatywnych rozwiązań wymaga wyważenia środowiskowych skutków utrzymania lub ograniczenia użytku spornej budowli, w tym jej zamknięcia, a nawet jej rozbiórki z jednej strony, oraz nadrzędnego interesu publicznego, który doprowadził do jej budowy, z drugiej strony. Jednak, ewentualna rozbiórka spornej budowli jest także przedsięwzięciem które należy poddać ocenie siedliskowej;
- Uznał, ze koszty poszczególnych rozwiązań alternatywnych nie mają takiego samego znaczenia co przyświecający dyrektywie siedliskowej cel ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory; tym samym koszty nie mogą być decydujące dla wyboru alternatywnych rozwiązań;
- Przypomniał, że: działalność prowadzona na obszarze Natura 2000 (choćby była kontynuowana od czasów sprzed wyznaczenia obszaru) jest zgodna z art. 6.2 dyrektywy wyłącznie, jeśli jest zapewnione, że nie powoduje ona znacząco negatywnego oddziaływania na cele ochrony obszaru; samo istnienie prawdopodobieństwa lub ryzyka, iż działalność gospodarcza na chronionym terenie powoduje istotne naruszenie założeń ochrony, może stanowić naruszenie art. 6 ust. 2 dyrektywy siedliskowej bez konieczności udowodnienia istnienia związku przyczynowo-skutkowego między tą działalnością a istotnym niepokojeniem chronionego gatunku/niszczeniem siedliska.
Wyrokiem C-167/14 Trybunał Sprawiedliwości UE nałożył na wniosek komisji Europejskiej na Grecję karę ryczałtową 10 mln Euro oraz karę 3,64 mln Euro za każde półrocze do czasu pełnego wykonania obowiązków dyrektywy 91/271 / EWG - oczyszczania ścieków komunalnych. Grecja, mimo że w 2007 r. został uznana za winną naruszenia tej dyrektywy, poprzez niezapewnienie właściwego oczyszczenia ścieków z 24 miejscowości mających ponad 15 tys. mieszkańców, do 2015 r. wciąż nie zapewniła właściwego oczyszczenia ścieków z 6 takich miejscowości, mimo że podjęła działania w tym kierunku. Trybunał uznał, że mimo iż działania te są „niemal ukończone”, to kara powinna być nałożona; zmiarkował jednak jej wysokość uwzględniając zarówno spadek PKB Grecji jak i częściowe wykonanie obowiązku.
