Komisja Europejska opublikowała ocenę efektywności ochrony ptasich obszarów Natura 2000 wykonaną na próbce 100 obszarów z 10 krajów: Chorwacji, Finlandii, Francji, Hiszpanii, Irlandii, Łotwy, Polski, Rumunii, Słowacji i Włoch (po 10 obszarów z danego państw; wybierano je tylko spośród obszarów na których potrzeby ochrony zostały jakoś zidentyfikowane). Analizowano w ujednolicony sposób: jakość sformułowania celów ochrony, zaplanowanie środków ochrony, ich wdrożenie, zarządzanie ochroną obszaru, monitoring, ich skutki. metodą badań był kwestionariusz, o wypełnienie którego proszono interesariuszy, w tym zarządzających obszarem, a także oceny eksperckie. Brano w szczególności pod uwagę, czy środki ochrony są odpowiednie dla ptaków dla których desygnowano obszar.
Wszystkie badane państwa są znacznie lepsze w planowaniu ochrony obszarów, niż we wdrażaniu planów. W żadnym z państw ochrona obszarów nie okazała się w pełni (tj. w 100%) skuteczna. Liderem skuteczności ochrony spośród badanych państw jest Finlandia. Polska uplasowała się w pobliżu średniej dla badanego zbioru państw.
Polskie pozytywy to ustanawianie stosunkowo precyzyjnych celów ochrony, specyficznych dla poszczególnych gatunków, a także nie najgorsze pokrycie przygotowanymi (choć nie zawsze ustanowionymi!) planami. Zapisy planów są częściowo wdrażane. Brak systemu monitoringu ptaków w poszczególnych obszarach, ale pewne dane liczbowe są dostępne w przypadkach pokrywania się obszarów z powierzchniami próbnymi ogólnopolskiego monitoringu ptaków. Negatywy to niepełny zakres planów, które nie zawsze przeciwdziałają kluczowym zagrożeniom. Polskie plany zwykle ujmują aktywne działania, ale słabo ujmują potrzebne ograniczenia użytkowania lub wyłączenia z użytkowania. Brakuje w nich także działań niezbędnych dla ochrony obszaru Natura 2000 ale zlokalizowanych poza granicą obszaru. Problemem jest opór polskich Lasów Państwowych przeciw ochronie przyrody. Zidentyfikowano nie w pełni rozwiązane konflikty między ochroną ptaków a rolnictwem (zwłaszcza w zakresie warunków wodnych i terminów koszenia), leśnictwem (zbyt intensywna gospodarka leśna, deficyt martwego drewna, drzew biocenotycznych i spokojnych fragmentów lasu), rozwojem turystyki (deficyt miejsc nieuczęszczanych przez ludzi w niektórych ostojach ptaków), rybołówstwem (przyłów ptaków) i gospodarką na stawach (deficyt naturalnych elementów na niektórych stawach). Brak systemu oceny jakości ochrony i interpretacji wyników monitoringu.
